Перед тем как приступить непосредственно к возведению крепостных стен, болото было решено осушить. Для этого был выкопан ров, окружающий будущие стены замка. Как и положено архитектуре той эпохи, монастырь имел четкую форму – квадрат. Окруженная каменными неприступными стенами внутри крепости находилась прямоугольная площадь. От нее к стенам монастыря шли прямые улочки.
   Город быстро строился и экономически развивался благодаря своему статусу королевского города и расположению на пересечении торговых путей. К тому же со временем городище превратилось в крупный перевалочный центр, славившийся своей бойкой торговлей. Чтобы укрепить верность жителей города королевской власти, Будеёвице наделялся королём различными привилегиями. Благодаря удачному расположению, на пересечении нескольких крупных транспортных артерий того времени, Чешские Будеёвице вскоре стали выполнять и функции таможенного контроля. За весь товар, который местные и заезжие купцы провозили сквозь городские стены, взимался специальный налог.
   В конце XIII — начале XIV века в городе были возведены два католических храма, а сам город окружён крепостной стеной. В течение следующего XV столетия Будеёвице, в котором были сильны позиции католической церкви, являлся оплотом борьбы против гуситов. В городе насчитывалось 4000 жителей, и он был одним из наиболее крупных и значимых городов Чешского королевства.
   В XVI веке город переживает сильный экономический подъём, связанный, прежде всего, с добычей серебра, а также с развитием рыболовства и торговли солью. Строительство зданий в Будеёвице в этот период подчинено канонам архитектуры Ренессанса. В 1569 году в Будеёвице основан монетный двор, где чеканились монеты из серебра, добываемого в окрестностях города.
   Тридцатилетняя война не причинила большого ущерба городу, однако в июле 1641 года произошел крупный пожар, который уничтожил больше половины домов. Восстановление города продолжалось несколько десятилетий. Эпоха барокко значительно изменила вид города, в этот период был построен ряд религиозных объектов, а также фонтан Самсона на центральной площади, являющийся одним из символов города. В XVIII веке росту культурного значения города способствовало основание здесь латинской гимназии, городского театра и философского института. При императоре Иосифе II в 1785 году было основано Будвайзерское епископство.
   В XIX веке технический прогресс затронул многие стороны жизни города. Конная железная дорога, построенная в период между 1825 и 1832 годами и связавшая Ческе-Будеёвице с Линцем, была первым таким сооружением в Европе. В этот же период на реке Влтаве развивалось торговое судоходство. Развитие транспорта тесно связано с ростом промышленности и торговли. В 1847 году компания «Хардтмут» (производитель канцелярских товаров марки «Kоh-i-noor») из Вены перенесла в Будеёвице производство карандашей и керамических изделий, в связи с чем в городе появилась первая большая фабрика. В 1895 году была основана Чешская акционерная пивоварня, известная ныне пивоварня «Budweiser Budvar» («Будвайзер Будвар»).
   До конца XIX века население города и окрестных сёл в основном составляли немцы, однако постепенно чешское население стало преобладать. Тем не менее, до 1918 года бургомистрами города были немцы. В 1945 году, после окончания Второй мировой войны, будвайзерские немцы были депортированы в Западную Германию и Австрию.
   В ХХ веке Ческе-Будеёвице стал экономической и культурной столицей Южной Чехии. С 1991 года в Ческе Будеёвице действует Южночешский университет, а с 2000 года в городе располагается администрация Южночешского краяЧехии.